微生物处理技术在生活污水处理中的应用已经非常成熟并且全面普及，但是在工业污水的处理中还存在着一定的技术问题。相对于生活污水来说，工业污水的成份要复杂得多，大多数工业污水的COD值都相当高，可生化性差，这就给微生物处理带来了相当大的难度，有些工业污水甚至还有很高的氨氮指标，增加了微生物处理的难度。但是微生物技术的许多优势注定了它将是工业污水治理的一个选择，而且目前已经有很多行业的工业污水开始采用微生物处理技术并且得到了稳定的运行数据。

北京科技大学环境工程系书记、常务副主任林海博士介绍，近十几年已经发现并培养了许多种具有特种功能的微生物，并且其奇妙的效果也让世人看到了环境微生物的发展空间。经过分离、优化和特殊培养的高效特种菌尤其是一些极端微生物，即指那些在一般生物不能生存的条件下（如高酸、高温、高碱、高压、高盐、低温等）能生存的微生物，由于其特殊的生理机制，在环境治理中体现了特殊的应用价值。如降解石油的特效菌种、降解染料分子的特效菌等都已经有了实际的应用，但其降解机理还不十分清楚，运行也存在一些问题，加之培养条件严格、运行成本过高等原因而没有得到广泛的应用。

由于其经济效益和环境效益俱佳，微生物处理技术将是解决日益严重的水污染问题的有效手段之一。林主任认为以下几个环境微生物研究的侧重方向都将具有重要意义：1）培养新的特效物种并进一步提高其应用效率、降低应用成本；2）运用各种相关技术加以优化组合，尤其是高效、低能耗、易普及的特种微生物与特殊工艺的最佳结合；3）加强不同专业、不同学科之间的合作，如将毒理学和微生物学和环境工程相结合；4）重点从根本上消除污染源，充分协调人与自然之间的关系，充分实现废物资源化。