“虽然当前流域内城市和工业点源污染正逐步得到治理，但是以农药、化肥和畜禽养殖业污染为主的农业面源污染，开始显现成为长江流域水环境治理的重点和难点。”国家软科学研究计划项目《面向可持续发展的流域水环境保护与面源污染控制政策研究》的最新报告指出，应及早制定《长江流域农业面源污染防治条例》，积极引导农村地区施行绿色发展模式，避免走“先污染后治理”的老路。

报告分析指出，农村面源污染主要是由化肥农药污染、畜禽养殖业污染、农村生活污水排放和山林地区污染所致，其中所含主要污染物是氮、磷等有机物。近年来，长江流域农业面源污染呈加重趋势，一方面是由于土地利用及耕作措施不尽合理，存在过度垦殖和乱砍滥伐现象，流域内水土流失严重；另一方面随着流域内人口增加，尤其是上世纪90年代以来，经济快速发展、城镇化进程加快和耕地减少，为了增加粮食生产，农田中化肥、农药的使用量越来越多，以这些农业面源污染引起的水体富营养化问题越来越突出。

例如，云南滇池、江苏太湖的农业面源污染的氮量分别占入湖总氮量的70%和73%，安徽巢湖约有52%的总磷和70%的总氮来自农业。

长江科学院水资源所许继军工程师认为，相对于点源污染，农业面源污染不仅导致土壤和水环境被污染，直接威胁到农村饮水和农产品安全，而且治理难度非常大。他提出，要及早制定《长江流域农业面源污染防治条例》，引导农村地区走可持续发展的道路。要在当前建设新农村的过程中，从战略高度部署好农业面源污染的防控规划工作，积极建立有利于农业面源污染控制的服务市场机制。要建立协调和综合治理机制，实行从源头到排污口的全过程监控和治理。