近年来，通过大规模的截污工程，东湖的排污口大幅度减少，但在部分区域仍然有一些污水直接排入东湖，严重污染湖水。据专家分析，这些排污口至今仍然存在有4类原因。

——东湖景区尚未实现全面截污

位于东北部的先锋村、湖光村地区的学生、居民和村民的生产生活污水，按规划应进入落步嘴污水处理厂，由于污水管网未连通，致使污水未经处理通过先锋明渠排入东湖。

部分区域至今还未有污水管网，生活污水只能就近或通过明渠排入湖中。如龚家岭村、新武东村、落雁景区；磨山地区（包括桥梁村和磨山村）和吹笛景区；老武黄路以南的东湖高新开发区九峰乡。

——部分截污工程未发挥预期效益

庙湖截污工程。庙湖周边的23个排污口已实施了截污工程，建设了湖滨泵站并打通了德胜山隧道。但由于龙王嘴污水处理厂受纳能力有限，收集的污水不能完全进入污水厂进行处理，大部分只能排入湖中。

武汉大学截污工程。东湖南路半侧山的武汉大学校园内建成了日抽升2700吨的污水泵站和管道，至今未能按计划接入东湖南路污水干管。

——部分区域雨污未分流

由于历史原因，水果湖地区的地下管网是雨污合流的。每次大雨来临时，为防止出现渍水，水果湖和茶港的闸口必须打开排水，初期雨水混合大量污水排入湖中，严重影响水果湖水质。

——部分地区排污设施建设滞后

东湖景区东部地区（三环线东段）的武汉动车段至老武黄公路及九峰地区近10平方公里区域，未纳入主城区全收集全处理实施范围。该区域的鼓架村、滨湖村、建强村的生活污水直排入湖。