随着经济社会快速发展，农村开始与城市一样，出现了很多环境问题，主要包括面源污染加重、生活污染加剧、工矿污染凸显、饮水安全存在隐患等。这些环境问题一部分来自于农村自身的生活生产活动，一部分来自于城市(工业)污染转移。

笔者认为，农村污染源主要来自以下3个方面: 一是种植业生产过程带来的化肥污染(面源污染的主要组成)。主要是由于种植业产品需求数量的相对增加，与种植业生产面积的相对减少之间的矛盾所造成的。 近30年来，中国经济持续增长，人口数量快速增加，粮食需求总量不断增加。同时，中国的可耕地面积呈减少趋势，种植业生产面积相对减少。为确保粮食产量稳定，其中一个重要手段就是通过增施化肥增加土壤肥力来增加粮食单产。但是，中国目前的化肥有效利用率还不到35%，未被吸收利用的化肥将会造成面源污染。 二是畜禽养殖业生产过程产生的废弃物污染(也是面源污染的主要组成)。主要是由于畜禽产品需求量增加、养殖空间的相对集中与区域环境容量的相对有限之间的矛盾造成的。 一方面，随着生活水平的提高，城乡居民平均每日畜禽产品(包括畜禽肉制品、蛋、奶、水产品等)需求量不断增加，再加上人口数量增加，使畜禽产品需求总量呈增加趋势。为保障畜禽产品供给，畜禽养殖数量大大增加，产生了大量畜禽养殖废弃物。 另一方面，畜禽养殖的规模化程度不断提高，养殖空间相对集中。

随着市场需求的增加，受经济收益驱动，城市周边的生猪养殖规模化程度不断提高，养殖空间不断集中，畜禽养殖废弃物集中产生排放，大大超过了区域环境容量，造成了畜禽养殖废弃物污染。 三是农村居民日常生活带来的生活污水、生活垃圾污染。主要是由于城镇化进程不断加快与农村环境基本公共服务相对滞后之间的矛盾所造成的。 一方面，随着人口数量的增加和相对集中居住，生活垃圾、生活污水不断增加、排放强度不断加大。再加上中国农村城镇的特殊性，生活垃圾、生活污水污染成分趋于复杂。 从生活垃圾来看，由于生活水平的提高，垃圾中不易降解的物质(塑料制品等)增多，垃圾的有毒残留物质(农药瓶等)时有出现。再加上中国目前的废旧物资回收体系还不健全，造成了生活垃圾不易进行资源化利用，减量化程度有限，增大了处理成本。 从生活污水来看，由于城镇周边工业企业、畜禽养殖业的存在，生活污水与工业废水、畜禽养殖废水混在一起，污染成分变得复杂，增大了处理难度和成本。

另一方面，中国农村基本公共服务建设起步较晚，农村环境保护更是其中的薄弱环节。目前，很多村镇还没有建设相应的污水处理设施和配套的管网，覆盖城乡的垃圾收集、转运体系也没有建立，污染治理设施的产权还不明晰，相应的管护、运营机制还没有建立。在这样的情况下，未经处理的生活污水、生活垃圾造成了污染。 同时，由于区域经济发展水平和经济结构的差异，受土地政策及产业政策影响，高污染性工业企业除一部分退出市场外，还有一部分由东部向西部、城市向农村、发达向不发达地区转移。这些企业转移后，如果得不到严格的监管，将会造成污染。在上述面源污染、生活污染以及工业企业污染的综合影响下，饮用水水源地环境安全难以得到保障。